2023年度税制改正において、2027年１月１日以後に提出すべき給与所得の源泉徴収票に係るみなし提出の特例が適用されることとなりました。企業の給与計算事務ご担当者様の事務負担軽減につながる本特例について、ひと足お先に概要を確認しましょう。

「源泉徴収票のみなし提出の特例」とは？

現行制度では、従業員に対して給与等を支払った事業者は、前年の支給給与について、従業員の住所地である市区町村に対し給与支払報告書を、さらに事業者の所轄税務署に対し源泉徴収票を、それぞれ提出しなければなりません。

出典：国税庁「源泉徴収票のみなし提出の特例　特設ページ」

こうした取扱いについて、2027年１月１日以降は「源泉徴収票のみなし提出の特例」として、市区町村に「給与支払報告書」を提出した場合には、税務署長に「給与所得の源泉徴収票」又は「公的年金等の源泉徴収票」を提出したものとみなされることとなります。この特例により、事業場においては、税務署提出用の「給与所得の源泉徴収票」の作成・提出が不要となります。

市区町村への給与支払報告書の提出方法は、以下よりご確認いただけます。

参考：eLTAX（地方税ポータルシステム）「給与支払報告書等の提出に係る特設ページ」

源泉徴収票と支払報告書の同時作成・提出が可能となる「eLTAXでの電子的提出の一元化機能」については、2026年９月をもって終了となる予定です。

「源泉徴収票のみなし提出の特例」　改正後の「こんなときどうする？」の疑問を解消

本稿でご紹介する「源泉徴収票のみなし提出の特例」について、実務上の疑問点を扱ったＱ＆Ａが公開されています。企業の実務ご担当者様はあらかじめご確認いただき、適正に処理を行えるようにしましょう。ここでは、企業から特に質問が寄せられそうな点を抜粋して掲載します。

①　従業員への源泉徴収票の交付は必要です

特例により税務署への源泉徴収票の提出が不要になっても、従業員への源泉徴収票の交付は、改正前同様必要です。なお、源泉徴収票の本人交付にあたっては、書面での交付に代えて電磁的方法によることも可能です。

参考：国税庁「給与所得の源泉徴収票等の電磁的方法による提供(電子交付)に係るQ＆A」

②　「源泉徴収票のみなし提出の特例」の適用を受けるための、市区町村への給与支払報告書の提出方法

支払報告書は、eLTAX、光ディスク等又は書面により提出することができます。いずれの提出方法であっても、税務署に源泉徴収票を提出したものとみなされます。なお、給与支払報告書を eLTAX で提出すると、従業員が確定申告をする際のマイナポータル連携の対象となり、確定申告書に給与情報が自動入力されることから、従業員にとってメリットがあります。

③　過去年度分の処理に関しては、「源泉徴収票のみなし提出の特例」の対象外

源泉徴収票のみなし提出の特例は、2027年１月１日以後に提出すべき源泉徴収票、つまり2026年分以後の源泉徴収票が対象となります。そのため、2025年分以前の源泉徴収票は「源泉徴収票のみなし提出の特例」の対象外となり、源泉徴収票は税務署に、支払報告書は市区町村にそれぞれ提出する流れとなります。

④　提出済みの支払報告書の訂正方法

2026年分の給与支払報告書を市区町村に提出し、特例により源泉徴収票を税務署に提出したものとみなされていたところ、給与支払報告書の内容に誤りがあった場合、以下の訂正処理を行います。

⇒eLTAX で提出された支払報告書：提出区分を「訂正」とし、再度提出。

⇒光ディスク等又は書面で提出された支払報告書：市区町村ごとに異なるため、提出先の市区町村に問い合わせの上、対応すること。

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